Recueil de données "automatique"

Montpel · Décembre 17, 2022, 9:22

Ma question va peut être semble idiote, mais je me dis que je ne peux pas être la seule à me la poser alors la voici. Pour mon mémoire de DES on m’a orienté vers un sujet d’hémato qui implique de récupérer des données de centaines (peut être millier ?) de patients. Il s’agit essentiellement de résultats biologiques mais aussi de diagnostics, certains médicaments et des éléments sur l’évolution de la pathologie (favorable défavorable).
Le plus souvent je retrouve facilement ces données mais cela me prend en moyenne 7-10 min par dossier. En plus, je n’ai aucun moyen de savoir si mon patient est éligible avant d’avoir exploré une bonne partie du dossier. Je dois donc ouvrir un par un les dossiers pour très souvent ne même pas inclure le patient.

Ma question est donc : est ce qu’il n’existe pas un moyen de récupérer ces données automatiquement ? La plupart sont toujours notées au même endroit dans un compte rendu type. Même s’il ne s’agissait que de récupérer qu’une partie des données cela me ferait économiser un temps considérable !

DrPasco · Décembre 17, 2022, 11:16

Vous avez raison de vous poser cette question avant de débuter votre recueil car ces solutions existent bel et bien !

Vous n’avez peut-être pas encore découvert ce versant du monde hospitalier, mais tous les jours des équipes effectuent des extractions de données des différentes logiciels à des fins de rapports d’activité, de facturation et bien etendu de recherche clinique.

Il existe aujourd’hui 2 grandes stratégies pour extraire des données du dossier patient sans passer par le recueil manuel :

1. L’extraction directement depuis les logiciels métiers

Pour chaque logiciel en place dans votre établissement, il existe généralement un référent médical et un référent technique (de la DSI : Direction des Systèmes d’Information). Vous devez contacter ces personnes pour discuter d’une extraction de données.

Attention cependant, il faut garder en tête que :

l’éditeur doit avoir prévu une fonction d’export pour vos données cibles et l’avoir documentée
l’export, bien que souvent plus rapide qu’un recueil manuel, demeure un étape chronophage et potentiellement complexe. Le personnel apte à la réaliser est souvent déjà très sollicité
de nombreuses données stockées dans les logiciels médicaux ne sont pas facilement exportables (ex : les données saisies en texte libre sont complexes à manipuler)
votre interlocuteur technique (DSI) est rarement un médecin. Il connaitra le jargon principal en rapport avec le logiciel mais vous devrez être extrêmement précis dans votre requête. Précisez par exemple si c’est une liste de séjours ou de patients répondant à vos critères que vous souhaitez extraire.

→ Prévoyez tôt vos extractions en entrant en contact en début de projet avec le personnel concerné et vérifiez la faisabilité de vos extractions avec eux.

Pour ce qui est des actes et diagnostics (PMSI), c’est votre DIM (Département d’Information Médicale) qui sera le plus à même de vous aider. Vous y trouverez généralement des équipes composées de médecins et de techniciens qui travaillent de concert et qui ont l’habitude de répondre aux requêtes d’autres médecins.

Notez cependant que si vous souhaitez extraire des informations issues de plusieurs applications (ici : résultats labo + PMSI + prescriptions + etc) vous devrez effectuer une extraction de chaque logiciel concerné et chaîner vos données. Cela n’est pas anodin !

Vous décrivez aussi le besoin de vérifier l’éligibilité de vos patients de façon « automatisée ». Si votre critère d’inclusion peuvent être vérifiés sur les données issues d’une seule application : vous pourrez demander au responsable de celle-ci d’effectuer une extraction en accord. Dans le ca contraire (critères impliquant plusieurs logiciels), il faut envisager la solution de l’entrepôt de données.

2. L’extraction via un entrepôt de données

Depuis quelques années, les CHU et certains CH déploient des entrepôts de données. Il s’agit de bases de données centralisées qui rassemblent les données issues de plusieurs applications métiers. Si votre établissement bénéficie de ce type d’outil, il sera plus aisé d’effectuer une requête unique sur celui-ci que d’extraire de chaque application des informations parcellaires.

Ces projets sont généralement gérés par le DIM ou une équipe recherche. La loi oblige les établissements qui ont déployé cet type d’outil de le mentionner sur leur site web grand public : vous pourrez ainsi facilement savoir si c’est une solution envisageable pour vous.

Complément : extraire des informations dans un compte rendu type.

Si vous parvenez à extraire des documents textuels en collaboration avec un responsable d’application ou avec l’équipe en charge de l’entrepôt de données de votre établissement, il est possible d’extraire automatiquement des informations de celui-ci s’il reprend une trame commune.

Ex : si votre document comprend systématiquement la mention « Evolution : favorable » ou « Evolution défavorable » selon l’issue de la pathologie, il est possible d’extraire automatiquement le terme favorable/défavorable. Cela nécessite cependant une compétence informatique spécifique (ex : utilisation d’expressions régulières) : voyez si vos équipes recherche ou DSI sont en capacité de réaliser ce type d’extraction.

Conclusion :

L’extraction automatisée est bel et bien possible. Avec l’arrivée des entrepôts de données celle-ci tend à se simplifier mais il ne s’agit pas pour autant d’une simple formalité : vous devrez rencontrer plusieurs acteurs et leur décrire votre projet afin d’en évaluer la faisabilité technique et leur disponibilité.